X-Men '97 riprende il racconto esattamente dal punto in cui si era interrotto sul finire degli anni Novanta.
Gli X-Men, il celeberrimo gruppo di mutanti che utilizza i propri superpoteri per proteggere un mondo (che li odia e che ne ha timore), saranno costretti ad affrontare una nuova sfida, tanto inaspettata quanto pericolosa.