In una missione archeologica ai confini dell'universo conosciuto, il professor Daiba scatena inconsapevolmente un antico orrore dai suoi confini. Cinque anni dopo la malevola forza aliena mette in moto un piano che riunisce i vari membri dell'equipaggio dell'Arcadia per solcare nuovamente le stelle e portare Tadashi Daiba a incontrare Harlock per la prima volta (di nuovo).